-При ископ за инфраструктурен дел, односно на кабел за електрична енргија откриени се два дела од црквата пронајдена под Јени џамија, тоа е северниот и јужниот дел од проскомидијата. Новопронајдените делови треба да се третираат археолошки и затоа моменталните работи на шадрванот се запрени. Односно треба да се извршат заштитни археолошки истражувања за да се заврши партерното уредување пред влезот на џамијата. Меѓутоа НУ Завод и музеј Битола нема средства за заштитни ископувања затоа се обрати до Општина Битола, Управата за заштита на културно наследество и Министерство за Култура на Р.Македонија, вели Слободан Стојкоски, арехолог во НУ Завод и Музеј-Битола

Археолошки истражувања отпочнаа во втората просторија на Уметничката галерија, односно во внатрешноста на Јени џамија во 2003 година и беа сондажни. Под влезот на наосот во џамијата откриен е ѕид, а начинот на градбата со ориентација исток-запад  беше доволен предзнак за тоа дека се работи за христијански објект.  Во 2004 и 2005 година, археолошките истражувања прераснаа во систематски, при што  се откриени темелни остатоци од три еден врз друг христијански религиозни објекти и средновековна некропола, како и голем број артефакти. Археолошките ископувања продолжија во 2008, 2009 и 2010 година и притоа е додефиниран  сакралниот објект. Според откриените делови на црквата, димензиите се многу поголеми од претходно претпоставеното. Извршени се и археолошките истражувања во 2017г.

-При ископувањата целосно е откриен олтарниот простор, а откриена е проскомидијата на христијанскиот објект, границата во североисточниот дел е одредена и претходните претпоставки се делумно потврдени. Потврдени се досегашните фази и впреплетувања на христијанскиот објект. Исто така потврдено е и постоењето на надворешен отворен трем на џамијата од нејзината најрана фаза кој лежи врз темелите на црквата, вели Стојкоски.

Археолошките истражувања во изминатите 15 години се од непроценливо значње за историјата на градот.

-Црквата Св Ѓорѓи под Јени џамија е директен линк со словенската материјална култура и со нивното  инкорпорирање на овие простори. Таа датира од 7 до 14 век во повеќе различни фази и е доказ за постоењето на градот Битола. Со оваа црква градот влегува на историската мапа на Македонија и Балканот. Можам да кажам дека е единствен ваков локалитет на Балканот-црква под џамија истовремено истражуван и презентиран, вели Стојкоски.

Дел од подот во џамијата е застаклен, од каде се гледаат пронајдените делови од христијанскиот храм. Проектот за конзервација и реставрација на Јени џамија се одвива во неколку фази и има за цел објектот да биде презентиран како археолошки локалитет и галерија, кои ќе го обединуваат христијанското и исламското културно наследство.